溃疡性结肠炎的免疫异常日益受到重视，多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。但在发病机制中的作用与意义尚未得出结论。有人发现某些侵犯肠壁的病原体和人结肠上皮细胞的蛋白质之间有共同的抗原性，从而推论患者的结肠粘膜经病原体重复感染后可能诱导体内产生对于自身上皮具有杀伤作用的抗体、免疫复合物或免疫淋巴细胞。

　　也有人认为溃疡性结肠炎的发病可能与某种病原体有关。在多种致病感染因素中，目前的研究表明病毒的可能性较大。因为在溃疡性结肠炎病人的肠段中分离出一种物质，其大小近似于病毒颗粒，这种分离物注入动物肠段可引起类似类病变。但这一研究结果需要重复和确认。也有人怀疑难辨梭状芽孢杆菌的毒素可能与本病的复发和活动性有关，但也可能细菌和毒素的存在是一种继发性感染。

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