由于克隆病是一种非特异性炎症，近年的研究趋向认为其发病因素是由于某种病原体侵入肠上皮，然后引起机体的自身免疫瓜所致。

　　1.精神因素

　　精神因素似与本病有一定关系，有研究表明本病常伴有抑郁症。

　　2.免疫反应

　　一般认为本病与免疫反应有关，本病有许多肠外表现，说明它是一个系统性疾病;应用免疫抑制剂和激素可改善本病的临床症状;本病可出现自身抗体、免疫复合物、T细胞和吞噬细胞活力异常。

　　3.遗传

　　本病在同一家族中发病率较高，在不同种族中的发病率也有明显差别，说明本病可能与遗传有关。据国外报道，约1/3的患者有阳性家族史，15%患者血缘家族患有本病，认为克隆病及溃疡性结肠炎可在家族中交叉出现。

　　4.感染

　　过去曾认为本病由结核杆菌所致，而后予否认，但有人从病变组织中分离出副结核分支杆菌，特别是近年有人报道采用聚合酶链反应(PCR)在克隆病肠组织中发现该菌DNA，虽未能进一步证实，但值得重视。病毒学说曾一度受到重视，但迄今未发现任何病毒与本病有关。有人提出衣原体感染的可能，但在克隆病肠组织中未分离出衣原体。无衣原体DNA序列的表现，也缺少衣原体血清学反应，故无法证实衣原体感染是本病的病因。总之感染学需进一步研究才能作出结论。

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