直肠炎可以是不明原因(如溃疡性直肠炎和克罗恩病)，或者是由性传播疾病［如淋病；梅毒，常是继发的；衣原体结膜炎；单纯性疱疹或巨细胞病毒(CMU)］或由其他感染(如弯曲菌，志贺菌，沙门菌)引起；这可与先前的抗生素应用有关。直肠炎的其他原因包括放射性治疗，结肠造口术或回肠造口术的改道，但患者仍保留完整的直肠。性传播所致的直肠炎在男性同性恋者更常见。免疫缺陷的患者感染单纯性疱疹和巨细胞病毒的危险性很大。在少数患者中，非特异性直肠炎可进展为慢性溃疡性结肠炎或由克罗恩病累及所致。

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